拉氏图

2017-10-16

出处：族谱网

作者：阿族小谱

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应用拉氏图可以用于多少有些不同的两种方面。一个从理论上展示哪些ψ和φ角的值，或者说构象，对蛋白质中的氨基酸残基（如右上图）是有可能的。其二是展示观测数据点的经验分布（如右图），用于结构确认中，或者在许多结构所组成的数据库中（如左下3幅图所示）。这两种情况均常用于展示理论偏好区域的外形。氨基酸偏好可以预料，更大的侧链将会导致其更受限制，从而表现在拉氏图上是一个更小的允许区域。实际上看起来并不是这样；只有β-位碳原子处的亚甲基的影响比较大。甘氨酸的侧链只是一个氢原子，比起所有其它氨基酸侧链开头的-CH3,-CH2-,或-CH<有一个范德华半径华半径，所以它是受限制最小的，这在甘氨酸的拉氏图中（见左图，甘氨酸）可以看出，其允许区域大多了。相反，脯氨酸的拉氏图，由于其侧链与主链α-C及N形成五元环，则表现出ψ和φ的非常有限的可能组合（见左图，脯氨酸）近期的更新第一个拉氏图于原子水平的蛋白质结构（肌...

应用

拉氏图可以用于多少有些不同的两种方面。一个从理论上展示哪些 ψ 和 φ 角的值，或者说构象，对蛋白质中的氨基酸残基（如右上图）是有可能的。其二是展示观测数据点的经验分布（如右图），用于结构确认中，或者在许多结构所组成的数据库中（如左下3幅图所示）。这两种情况均常用于展示理论偏好区域的外形。

氨基酸偏好

可以预料，更大的侧链将会导致其更受限制，从而表现在拉氏图上是一个更小的允许区域。实际上看起来并不是这样；只有β-位碳原子处的亚甲基的影响比较大。甘氨酸的侧链只是一个氢原子，比起所有其它氨基酸侧链开头的 -CH3, -CH2-, 或-CH< 有一个范德华半径华半径，所以它是受限制最小的，这在甘氨酸的拉氏图中（见左图，甘氨酸）可以看出，其允许区域大多了。相反，脯氨酸的拉氏图，由于其侧链与主链 α-C 及 N 形成五元环，则表现出 ψ 和 φ 的非常有限的可能组合（见左图，脯氨酸）

近期的更新

第一个拉氏图于原子水平的蛋白质结构（肌红蛋白，1960）首次测定后被计算出来，虽然其结论是基于短肽的小分子晶体学上。如今，几十年过去了，已经有几万种通过X-射线晶体学测定并存储于蛋白质资料库（en:protein data bank）的蛋白质的高分辨率结构。很多研究已经利用了这个数据以产生更加详细精确的φ,ψ图（Morris et al. 1992; Kleywegt & Jones 1996; Hooft et al. 1997; Hovmöller et al. 2002; Lovell et al. 2003 ）。左侧的三个图展示了来自一系列高分辨率的结构的数据点以及通常情况（除甘氨酸，脯氨酸及 pre-Pro之外所有氨基酸），甘氨酸及脯氨酸的偏好和允许的构象区域的轮廓。最常见的区域标记如下：α 表示 α-螺旋，Lα 表示左旋α-螺旋，β 表示 β-折叠，ppII表示聚脯氨酸II。