为了维护祠堂的神圣和庄严，保持祠堂的整洁和香火有期，福建民间各家族对之都有一套管理规则。强宗大族专设祠堂司事和祠丁来负责祠堂的日常管理和洒扫上香。福州一些祠堂还规定每年按家居住址，每家出1人，一届8年选4人，轮流管理祠堂，这些人俗称“当家头”。

　　族人不允许有损害祠堂的行为。长乐曾氏家族规定：“一宗祠内外，不准私放畜类，以及不准夏秋晒谷，至于乘凉寝睡等事。违者罚钱一千文，充祠公有;若再抗罚，族房齐集，呈官究治。一祠堂内外，凡有安囤家私柴草，即在祠前焚化示众。”

　　有的家族还规定，族人损坏祠堂物件必须赔偿公罚。妇女儿童不得随意入祠，族人盖房不得有碍祠堂风水等，尤其是一些有损于家族道德的行为，如行窃、赌博、吸毒等皆是祠堂的严厉规定的禁条。

　　祠堂的建筑大多讲究“风水，通常是在祖先最先居住的地方，将旧房改建成祠堂;一些家族建宅时，往往先建祠堂。闽北一些单姓小村落，无力筹建大祠堂，便在村前选址设牌位，供祖先。祠堂一般多位于正寝(前堂)东侧，讲究的有三间二外门。正大门平常不开，只在春秋二祭或族人议大事时开启。

　　正厅外，有储藏祭器、遗书的小房子，环绕成一个独立的建筑群。普通的祠堂只有一间正厅，正厅内设4个龛(也有8-10个龛者)，龛中置一个柜，内藏祖宗牌位(称“神主牌”)，4 龛神位依次为高祖考、高祖妣和考、妣的官位、姓名字号。每龛前各设一矮长桌，用以摆放祭品。一些宗祠里，凡本族新添男丁要贴张红纸在柱上，上书×××长子(或次子等)、取名×××，以示到祖先面前报到。如今闽南一些祠堂大厅正中大木龛中列祖列宗的神主牌位，已被各主遗像所取代。

　　本房死者若有子已婚(不属夭折)者，其遗像可入祖厅正堂。惠安崇武一带，几乎所有宗祠厅堂的龙壁都贴有符篆、“金箔”及用锡箔色纸剪成的镜、尺、剪刀、双喜等图，用以镇宅。符篆多书 “北方玄武大神镇宅”、“西方白虎大神镇宅”、“东方青龙大神镇宅”、“南方朱雀大神镇宅”等。平日祠堂空屋有借给家无住房的族人居住，有的族人的灵柩也寄放在祠中。族人去世，则送香灰入祠。外出族人来谒祖寻根时，必先到祠堂祭拜，而后包上祠堂的香灰及家乡泥土带走，以示不忘根本。

　　1949年后，除 “”“破四旧”时部分祠堂遭损外，省内宗祠大多保留。近年一些地方宗族活动又兴，新建祠堂不少。漳浦郑姓人1987年就整修族祠，作为郑姓举行 “穿灯脚”(穿灯脚，每年农历正月十四，闽南一带在族祠内悬挂各种花灯。让由婆婆陪着的新嫁娘，和初为人母抱着新生儿的小媳妇，沿宗祠的下殿至上殿绕行一周。因系从高悬头上的花灯阵中通过，故称“穿灯脚”)传统习俗活动的场所。

　　宗祠的修建仍由同姓族人捐款集资。闽南许多华侨回乡也捐修宗祠。新修祠堂大都富丽堂皇，耗资甚大，造成浪费。新修的宗祠日常向乡人开放，仅是做为宗族的象征而已。闽南许多宗祠，作为村里老人会活动场所，发挥有益的作用。

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