比较解剖学是比较解剖学中生物的相似与差异处的一门研究，其通过比较的方法对比不同机体的结构特征，并观察分析其相互间的异同，从而了解生物进化的发展规律。它与演化生物学及种系发生学（种族的演化）有紧密的关系。
比较解剖学的二项主要概念：
- 同源结构－ 不同物种中的相似结构（身体部位 / 人体），因为物种有共同起源。它们可能用以执行相同的功能。例如：猫与鲸的前肢结构。
- 同功结构 － 不同生物中的相似结构，因为它们在相似环境里逐渐演变，而不是继承自现代共同的祖先。演变通常是为达到相同或相似的目的。例如：鼠海豚与鲨鱼的流线身形。它演变于水底的环境，但物种有不同的祖先。
特殊特征的发展规则，其与一般同源有显著差异，是由卡尔·恩斯特·冯·贝尔造表（贝尔法则）。
