脊索动物门（学名：Chordata）是动物界最高等的门。脊索动物的共同特征包括：在生活史中的某个阶段具有脊索、中空的背神经管、咽鳃裂以及肛后尾。
脊索动物门可以分为尾索动物亚门、头索动物亚门和脊椎动物亚门三个亚门。其中尾索动物亚门和头索动物亚门可以合称为“原索动物”，生活在海洋中。尾索动物幼虫期具有脊索和神经索，但在成体消失。头索动物终生保留脊索和神经索。在脊椎动物中，脊索作用由骨质脊柱代替。
少数学者提出将半索动物门也置于脊索动物门下，并命名为口索动物亚门。
通常说的脊椎动物学主要是指研究脊索动物的一个动物学分支，不单单是研究脊椎动物门。
