囊鳃鳗目是一种条鳍鱼(辐鳍鱼纲),在一定程度上与真鳗较为相似,但是有很多内部结构上的差异。从已有的少量标本来看,大部分的囊鳃鳗目都是深海鱼类,比如伞口吞噬鳗。
囊鳃鳗目缺少部分骨骼,如续骨、鳃盖骨及肋骨。他们也没有鱼鳞,腹鳍或鱼鳔。口部一般较大,其中部分甚至可以吞噬下比自身更大的鱼类而令人印象深刻。它们的myomeres(肌肉segments)呈V字型而不是其他鱼类的W字型,并且它们的侧线不具备开孔,而是由一组管道代替。